Kurz nach der Befreiung Bremens durch britische Truppen war das Gefangenenhaus seit dem 5. Mai 1945 schon wieder belegt. Zwar hatte es noch am 26. April durch einen Artillerievolltreffer seinen Schornstein verloren, doch die Arresträume im Polizeipräsidium waren inzwischen derart überfüllt, dass man auf das Polizeigefängnis zurückgreifen musste, auch wenn dessen Bombenschäden längst noch nicht ausgebessert waren und im ganzen Gebäude die Fenster fehlten. Mitte Juni gab es immerhin wieder Strom.
In Bremen hatten nun die Amerikaner das Sagen. Die Gestapo gab es nicht mehr, die politischen Gefangenen waren entlassen worden, und die deutsche Polizei unterstand, wenn auch unter deutscher Leitung, der amerikanischen Militärregierung, vertreten durch den Gefängnisoffizier Captain Evers. Im Gefangenenhaus waren nach Kriegsende die Aufseher und Aufseherinnen im Amt geblieben. Der Leiter des Gefangenenhauses wurde am 10.1.1946 auf Weisung der amerikanischen Militärregierung entlassen und verlor seine Eignung zum Polizeibeamten. Ende 1948 kam es gegen ihn zu einem mit über dreißig Zeugen breit angelegten Entnazifizierungsverfahren, das die Entlassung durch die Amerikaner bestätigte.
In den ersten Nachkriegsjahren reichten die Bremer Gefängnisse kaum zur Unterbringung aller Festgenommenen und Häftlinge aus. Auch das Gefangenenhaus war ständig überbelegt. Besonders hektisch ging es am Ostertor zu, wenn beispielsweise nach Schwarzmarktrazzien bis zu über fünfzig Personen gleichzeitig eingeliefert wurden. Aber auch wer einfach nur die nächtlichen Sperrstunden überschritt, musste die Nacht bis zum Morgen in einer der Zellen verbringen.
Ein besonderes Problem stellten im Nachkriegsbremen die zahlreichen verwahrlosten, besonders weiblichen Jugendlichen dar, von denen viele bereits regelmäßig der Prostitution mit amerikanischen Soldaten nachgingen. Die von der Polizei aufgegriffenen Mädchen und Frauen kamen zunächst zur Verwahrung ins Gefangenenhaus, das aber in keiner Weise für die Unterbringung und die Trennung der "anständigen Frau von der Prostituierten" ausreichte. Am 18. Juli 1946 beklagte die Bürgerschaft die Zustände im Gefangenenhaus. "Jedenfalls ist diese Art der Unterbringung am Ostertor einfach menschenunwürdig und ein Schandfleck für unser Bremen" führte die Senatorin Käthe Popall aus, "Stellen Sie sich einmal einen kleinen Kellerraum vor, der die Luftzufuhr nur durch eine Luftklappe erhält, die höchstens 50 mal 50 cm groß ist, und der nun als Unterbringungsmöglichkeit für 20 und mehr junge Mädchen und Frauen zu dienen hat. ... Ein großer Teil von ihnen ist geschlechtskrank, ein weiterer Teil durch Ungeziefer verseucht."
Zwar versuchte man nun, jugendliche Häftlinge gesondert unterzubringen, doch war es 1946 die Regel, dass sich mehrere weibliche Häftlinge ein Bett teilen mussten. Erst mit der zunehmenden Unterbringung Jugendlicher in öffentlichen Heimen entspannte sich im Verlauf des Jahres 1947 die Situation im Gefangenenhaus, das jetzt zeitweise von der Justizverwaltung als "Ausgleichsgefängnis" für weibliche Häftlinge genutzt wurde, obwohl sein Zustand weiterhin als "wenig erfreulich" bezeichnet wurde.
Anfang der fünfziger Jahre sanken die Belegungszahlen im Gefangenenhaus derart, dass Polizei und Justizverwaltung überlegten, das Polizeigefängnis aufzulösen. Polizeigefangene im eigentlichen Sinn gab es nicht mehr, und manchmal überstieg die Zahl des Personals die der tatsächlich Inhaftierten. 1951 war noch eine neue Polizeigefängnisordnung erlassen worden. Ende des Jahres beschloss man jedoch, die männlichen und weiblichen Gefangenen an das Untersuchungsgefängnis abzugeben. Was blieb war die auf 24 Stunden begrenzte Verwahrung Inhaftierter und die Unterbringung der "Transportgefangenen" zur Überführung an Gerichte und Haftanstalten innerhalb und außerhalb der Stadt. Seit dem 15.12.1951 trug das Gefangenenhaus nunmehr die amtliche Bezeichnung "Polizei-Transport- und Verwahrungsstelle", später einfach "Dienststelle Gefangenentransport". Die Dienststelle verfügte über zwei Gefangenentransportwagen, im Volksmund als "Grüne Minna" bezeichnet.
1960 meldete die Polizeistatistik 3877 dem Gefangenenhaus überstellte Personen. Dazu zählten auch Jugendliche, die hier ihren richterlich verhängten Freizeitarrest verbringen mussten. Auch Obdachlose wurden für eine Nacht aufgenommen. Mit Wirkung vom 15.1.1964 erließ der Senator für Inneres eine neue Polizeigewahrsamsordnung. Hierin heißt es in § 1: "Die Polizeiverwahranstalt (Polizeigewahrsam) dient der vorübergehenden sicheren Unterbringung von Personen, die von der Polizei festgenommen oder sonst in Gewahrsam genommen worden sind". Der Gefangenentransport wurde dagegen seit dem 1.4.1963 durch eine Gefangenentransportvorschrift bundeseinheitlich geregelt. Vom 15.1.1964 an unterstand das Gefangenenhaus dem Stadt- und Polizeiamt als Polizeigewahrsam und Dienststelle - Gefangenentransport. Hier landeten auch die anlässlich der schweren Straßenbahnunruhen im Januar 1968 festgenommenen jugendlichen Demonstranten. 1978 gingen im Gefangenenhaus 2480 Männer und 410 Frauen "ein und aus"; darunter Blinde Passagiere, Ausländer ohne Aufenthaltserlaubnis, jugendliche Ausreißer (80) und vor allem Prostituierte.
Als im Januar 1972 19 illegal in Bremen zugereiste marokkanische Gastarbeiter festgenommen und zur Abschiebung in das Gefangenenhaus gebracht wurden, ahnte in der "Dienststelle Gefangenentransport" noch niemand, dass damit ein letztes Kapitel in der langen Geschichte des Polizeigefängnisses begonnen hatte: die Abschiebehaft oder auch Abschiebeknast genannt. An dem Schicksal der oftmals noch jugendlichen Abschiebehäftlinge im Gefangenenhaus entzündete sich in der Folge immer wieder die öffentliche Auseinandersetzung über die Asylpolitik in Bremen.
Mit den umfangreichen Sanierungsarbeiten, die 1980 und 1981 am Gefangenenhaus durchgeführt wurden, setzte auch eine nicht mehr abreißende öffentliche Diskussion über eine andere Nutzung des Gefangenenhauses ein. 1980 schlug die Aufbaugemeinschaft Bremen die Umgestaltung zu einem "Rudolf-Alexander-Schröder-Haus" vor. Andere wollten ein Mitmach-Museum oder brachten die Idee eines Bürgerhauses oder eines Museums für moderne Kunst ins Gespräch.
Von einer zurückgehenden Nutzung des Hauses durch die Polizei konnte aber zunächst keine Rede sein. Allein im August 1980 hatte die Polizeiverwahranstalt 225 mutmaßliche Straftäter verwahrt, hatte 534 Personen befördert und 2 Obdachlose bewirtet. Fast jede politische Großdemonstration in der Stadt endete vor dem Gefangenenhaus, wo die Teilnehmer die Herausgabe festgenommener Demonstranten forderten oder ihre Meinungen mit Farbbeuteln und Graffitis "untermalten".
1984 wurde links neben dem Gefangenenhaus der "Freiheitskämpfer" des Bildhauers Fritz Cremer aufgestellt, der an die Gegner und Opfer des Nationalsozialismus sowie besonders an die Widerstandsgruppe Schulze-Boysen / Harnack erinnern sollte. Ende der Achtziger Jahre setzten die Forderungen der Arbeitsgemeinschaft verfolgter Sozialdemokraten ein, das Gefangenenhaus in eine Gedenk-, Dokumentations- und Bildungsstätte zur Geschichte Bremens unter dem Nationalsozialismus umzugestalten.
Hartmut Müller, Mai 2002